Diketahui hubungan Gus Yahya dan Gus Ipul sempat terlibat konflik internal. Konflik ini berawal saat munculnya surat setelah beredar risalah rapat yang meminta dirinya mengundurkan diri dari jabatannya sebagai Ketum PBNU.
Dalam teks yang beredar, dituliskan bahwa rapat tersebut merupakan Risalah Rapat Harian Syuriah, Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU) tertanggal Kamis, 29 Jumadil Ula 1447H / 20 November 2025M, pukul 17.00-20.00 WIB.
Rapat yang disebut berlangsung di Hotel Aston City Jakarta itu dihadiri oleh 37 dari 53 orang Pengurus Harian Suriah, dan KH. Miftachul Akhyar bertindak sebagai pimpinan rapat.
Salah satu keputusan yang tercantum dalam risalah tersebut yaitu meminta KH. Yahya Cholil Staquf (Gus Yahya) untuk mengundurkan diri dari jabatan Ketua Umum Pengurus Besar Nahdlatul Ulama dalam kurun waktu 3 hari ke depan.
Namun permintaan dalam risalah tersebut diabaikan oleh Gus Yahya dan puncaknya Rais Aam mencopotnya sebangai Ketum PBNU. Aksi ini kemudian dibalas Gus Yahya dengan mencopot Gus Ipul dari kursi Sekjen dan menggantinya dengan Amin Said Husni.
Konflik internal itu kemudian semakin memanas dan saling klaim kepengurusan. Konflik ini kemudian membuat sejumlah kiai sepuh NU menggelar pertemuan dan menengahi konflik yang berujung dengan seruan islah.
