Candi Jago ditemukan Belanda pada tahun 1834, ketika kondisinya sudah rusak akibat akar pohon beringin besar di sekitarnya. Keberadaan pohon tersebut diduga sengaja ditanam sebagai penanda sekaligus pelindung candi.
Sebelumnya, Candi Jago sudah pernah mengalami pemugaran yakni di tahun 1890 dan tahun 1908.
Saat pemugaran awal berlangsung tahun 2025 kemarin, para pekerja menemukan susunan bata yang berbeda dan tersusun rapi pada bagian depan barat candi, sekitar beberapa meter dari badan utama.
Para arkeolog menduga struktur bata ini merupakan bagian dari fase pembangunan atau penambahan pada era Majapahit, yang menunjukkan kompleks situs itu mengalami fase pemanfaatan dan modifikasi berulang sehingga mencerminkan dinamika kekuasan dan ritual dari Singosari ke Majapahit.
