Salah satu persoalannya adalah De Javasche Bank, bank sentral peninggalan pemerintah kolonial Belanda, belum mengakui kedaulatan Indonesia. Kondisi tersebut mendorong Margono mengusulkan pembentukan lembaga keuangan nasional untuk memperkuat perekonomian negara.
Saat menjabat sebagai Ketua Dewan Pertimbangan Agung, Margono mendapat mandat dari Presiden Sukarno dan Wakil Presiden Mohammad Hatta untuk memimpin upaya pembentukan bank milik negara.
Pada 16 September 1945, lembaga perbankan tersebut mulai dibentuk. BNI kemudian memperoleh kewenangan menerbitkan Oeang Republik Indonesia (ORI) sebagai alat pembayaran resmi. Melalui Peraturan Pemerintah Pengganti Undang-Undang (Perpu) Nomor 2 Tahun 1946, BNI ditetapkan sebagai bank sirkulasi.
Margono kemudian menjadi direktur utama pertama BNI hingga 1950. Di bawah kepemimpinannya, BNI menjalankan fungsi perbankan, termasuk memberikan kredit dan menerima simpanan masyarakat.
Pada 1955, fungsi BNI berubah menjadi bank pembangunan dan lembaga tersebut memperoleh hak untuk menjalankan kegiatan sebagai bank devisa. Status hukumnya kemudian ditingkatkan menjadi persero pada 1969.
