Selain berkontribusi dalam dunia perbankan, Margono juga aktif dalam perjuangan dan pembentukan pemerintahan Indonesia setelah kemerdekaan. Ia pernah terlibat dalam Badan Penyelidik Usaha-Usaha Persiapan Kemerdekaan Indonesia (BPUPKI) untuk membantu merumuskan dasar negara.
Setelah Soekarno dan Hatta dilantik sebagai presiden dan wakil presiden, Margono dipercaya menjadi Ketua Dewan Pertimbangan Agung Sementara (DPAS) pertama. Lembaga tersebut bertugas memberikan nasihat dan pertimbangan kepada pemerintah dalam menjalankan pemerintahan.
Dalam kehidupan organisasi, Margono pernah aktif di Jong Java dan Partai Nasional Indonesia (PNI). Berbagai kiprahnya menunjukkan keterlibatannya dalam perjuangan nasional, pemerintahan, hingga pembangunan ekonomi Indonesia.
Margono meninggal dunia di Jakarta pada 25 Juli 1978. Namanya tetap dikenang melalui kontribusinya dalam membangun sistem perbankan nasional, terutama melalui pendirian BNI yang hingga kini menjadi salah satu bank besar di Indonesia.
